Balıklarla ilgili daha az bilinen bir konuya değinmek istiyoruz. Balıklardaki karmaşık konak-mikrobiyota simbiyozu, memelilerle karşılaştırıldığında hala büyük ölçüde keşfedilmemiştir. Mikrobiyota çevresel ve diyet faktörleri tarafından güçlü bir şekilde modüle edildiğinden, her tür için “ideal” bir mikrobiyom olarak tanımlanmaktdır.

EOs takviyesi tarafından hem transkripsiyonel hem de mikrobiyota modülasyonları gözlemlenmiş olsa da diyete bağlı disbiyoz uyarılarını göz ardı etmektedir. Baskın filum bakteri kompozisyonu açısından çiftlikteki çipura bağırsak mikrobiyom profiline uymaktadır. Transkriptomik fonksiyonel analiz, simbiyotik, çoklu organizma süreçleri ve organizmalar arasındaki türler arası etkileşim ile ilgili birkaç genin ekspresyonu yoluyla bu tür etkileşimler tespit edilebilmektedir.

EOs takviyeli diyetin antimikrobiyal etkisi ile ilgili olarak, karvakrol ve timolden oluşan kekik yapraklarının etanolik ekstraktlarının, çipura üzerinde immünostimülatör etkisinin yanı sıra Photobacterium damselae dahil olmak üzere çeşitli patojenlere karşı güçlü bir bakterisidal aktivite sergilediğini göstermiştir. Bu nedenle, ortaya konulan araştırma sonuçlarında, uygulanan bileşiklerin seçici bir antimikrobiyal etkisi olduğunu öne sürülebilmektedir. Bu durum, diyet değişikliği modülasyonunda konakçı-mikrobiyota simbiyotik ilişkisinin önemini kanıtlamaktadır.

Ek olarak, transkripsiyonel analizimizde, retinoik asit reseptörü alfa (rara) ve retinoik X reseptörü beta (rxrb) genleri, EOs takviyeli diyetle beslenen balıkların bağırsağında sırasıyla hem yukarı hem de aşağı olacak şekilde düzenlenmiştir. Retinoik asit (RA), epitel hücrelerinin ve bağışıklığın farklılaşması ve korunması da dahil olmak üzere bir dizi fizyolojik süreçte önemli bir rol oynayan balıklar için temel bir diyet besin maddesi olan A vitamininin en önemli transkripsiyonel olarak aktif bileşenidir. Bu bağlamda, organizmalar arasındaki bir başka simbiyotik etkileşim durumu, konağın A vitamini metabolizması ile onun kommensal mikrobiyotası arasındaki ilişkidir. Dikkat çekici bir şekilde, Clostridia (Firmicutes) bolluğu, EOs diyetiyle beslenen çipurada önemli ölçüde azalmıştır. Bu durum daha sonra RA mevcudiyetini ve nükleer reseptörlerin gözlemlenen düzenlemesini olumlu yönde etkileyebilmektedir.

Aslında, diyet sarımsak tozunun, bağırsak mikrobiyotasını geçici olarak modüle ettiği öne sürülen Clostridium insan bakterileri üzerinde antimikrobiyal bir etkiye sahip olduğu gösterilmiştir. Gökkuşağı alabalığında, farklı seviyelerde sarımsak özütü (%1, %1,5 ve %2) ​​bu cinsin bolluğunu olumlu yönde etkilemiştir. İlginç bir şekilde, sarımsak ve labia bitkisi yağlarından oluşan benzer bir diyet katkı maddesinin, düşük balık unu ve balık yağı diyetiyle beslenen Avrupa levreklerinde Clostridia sınıfını zenginleştirdiği gözlemlenmiştir. Bunsunla birlikte, özellikle karvakrol ve timolün Clostridium türleri üzerinde antimikrobiyal bir etki gösterdiği ve çeşitli organizmaların bağırsak sağlığı için faydalı olduğu sayısız şekilde gözlemlenmiştir. Bu nedenle, cinsin gözlenen azalmasındaki ana rolü karvakrol ve timol’e atfedilerek bu simbiyozun önemi göz önüne alınmaktadır. Doğrudan nükleer reseptörler ve/veya bağırsak mikrobiyotası üzerinde etkili olan diyet bileşenlerinden türetilen RA sinyalinin manipülasyonu, bağırsak immün uyarılmasını teşvik eden bir stratejiyi temsil edebilmektedir.