Kanatlı bağırsak mikroflorası sağlığı önemli bir konudur ve dikkat gerektirir. Kanatlıların bağırsaklarındaki bakteri türleri ve bakteri yoğunluğu birçok faktörün etkisindedir.

Buradaki önemli konu dirençli bakterilerin büyümesine ortam yaratmamak. Genellikle antibiyotiklerin düşük dozlarda kullanılması, en duyarlı bakteri kümelerinin sayısını azaltır ve dirençli bakterilerin büyümesini artırır. Rasyonların besin bileşimleri ve hammaddelerin yerel özellikleri (örneğin mevsimsel) bağırsak florasını etkiler.

Bilim adamlarına göre kanatlı bağırsak mikroflorasının ancak %10-25’ine hakimiz ve bağırsak bakterilerinin ancak %25’i kültürlenebilmektedir. Yani, intestinal mikroflora popülasyonlar analiz edilirken, gerçek ekosisitemin bir kısmını gözlemleyerek sonuçlar dikkatli bir şekilde elde edilmelidir.

Kanatlıların bağırsak kanalındaki mevcut mikrobiyal kümelerin, depolama yoğunluğu, rasyon, beslenme şekilleri, bakım koşulları, tavukların yaşları ve patojenler gibi birçok faktöre bağlı olduğu bildirilmiştir. Kümeslerdeki bakteriyel ekosisitem, her bir bölmedekiyle aynı, kalitatif ve kantitatif farklarının olduğu, yem ve su kaynaklarınında bu durumdan nasibini aldığı bilinmelidir. Kanatlı bağırsak miroflorasının yaklaşık 30 farklı genusa ait 600’den fazla etken barındırdığını bilmekteyiz. Bağırsak mikroflorasının önemi ve etkisi üzerine konuşulduğunda, konakçıdaki bakteri hücrelerinin sayısının, kanatlının vücudundaki ökaryotik hücre sayısının 10 katı olduğu veya genlerinin sayısının, konakçıyı oluşturan toplam gen sayısının 50-100 kat fazlası olduğu unutulmamalıdır.

Yaşlar Arasındaki Değişiklikler
Broyler bağırsakları doğuşta sterildir ancak kuluçkadan çıktıklarının ilk gününde sindirim sistemi floraları gelişme göstermektedir. Koliformlar, streptokoklar, klostridialar ve bifidobakterler bağırsakta hızla kolonize olurlar. Lactobacilli’ler ancak 3.-4. günlerde gözlenirler. Bağırsak mikroflorasının sabitlenmesi, ince bağırsakta 2 hafta, sekumda 4-6 hafta zaman alır. Antibiyotiklerin terapotik ve hastalıkları önleyici dozları değişik yaşlarda uygulanabilmektedir.

Bakım Koşullarının Etkisi
Normal gelişim, çevre ve stres (sıcaklık, mikotoksinler, koksidiozis, yoğunluk ve aşı)  gibi sayısız etkene bağlıdır ve bu etkenler savunmalarını azaltabilirler.

Rasyondaki protein kaynakları ve miktarı, ileum ve sekumdaki C. perfringens sayısına etki etmektedir. Normal koşullarda, balık eti bazlı kanatlı rasyonlarındaki ham protein seviyelerinin artışı, C. perfringens artışı ile orantılıdır. Bu orantı soya bazlı rasyonlarla beslenen tavuklarda aynı şekilde değildir. Aynı zamanda, kanatlı yetiştiriciliğinde bakım koşullarının bakteri yoğunluğuna olan etkisi bilinmektedir.

Yerde bakılan tavuklar ile kafes sistemlerinde bakılan tavuklar karşılaştırıldığında avilamisin, basitrasinmetilendisalisit ve enramisin gibi antibiyotiklerin daha fazla etki gösterdikleri saptanmıştır. Kanatlılar için normalde patojen olan Clostridium gibi bakteriler genç tavuklarda, Salmonella, Camplobacter, E.coli gibi bakteriler yaşlı tavuklarda sağlıklı bireylerden izole edilebilir. Bunun sebebi, çoğu vakada bakterilerin bağırsakta hasar oluşturmaması ve bağırsak mikroflorası dengesini bozmamasıdır.

Mikroflora proteinleri parçalayarak biyojen aminler, histamin ve duvarından salgılanan endotoksinler gibi yangısal moleküller, gibi toksik metabolitler üreterek negatif etkiler oluşturur ve hatta karaciğer tarafından detoksifiye edilen retoksifiye bileşikler üretir.
 Diğer bir yandan, vitaminler gibi faydalı metabolitler de üretmektedirler. Temel bir flora bariyeri oluşturarak, patojenlerin sindirim kanalında kolonize olmalarını engellerler. Sonuç olarak, bağırsak mikroflorası profili, yerleşimi ve bileşimi, rasyon, konakçının bağırsak fizyolojisi, bağışıklık sistemi, sağlığı ve kümesin ekonomik performansı gibi birçok faktörün etkisi altındadır.